Первым этапом подготовки рукописного материала для автоматизированной классификации является создание коллаций источников. Результатом коллаций является список вариантов чтений для каждого узла разночтений, обнаруженного в процессе коллации. Далее данные для работы программы кластерного анализа Алексеева представляются в виде таблицы, в которой строки соответствуют сиглам рукописей, а столбцы — номерам узлов.
Эти данные можно представить в виде таблицы, где каждой рукописи соответствует строка, в которой для каждого узла разночтений проставлен номер варианта, зафиксированный в этой рукописи.
В то время как в кластерном анализе Алексеева основанием классификации является узел разночтения, в стемматологии, в частности, в трехуровневом методе  Ваттеля, основанием для классификации служит формула разночтения. Если узел разночтений — это оппозиция двух или более чтений, то формула разночтений — это оппозиция двух или более групп рукописей. Материал, подготовленный по коллациям рукописей легко преобразуется из одного формата в другой.
Каждый узел разночтений можно переписать в виде формулы разночтений, в которой противопоставляются группы рукописей с различными чтениями. В формуле группы рукописей с одинаковым чтением отделяются косой чертой от других групп.
Так, если для гипотетических рукописей A, B, C, D по двум узлам разночтений текст представлен как последовательность строк
A 1 2
B 1 1
C 2 2
D 2 1,
где каждая строка соответствует рукописи, при преобразовании данной последовательности в формулы разночтений получим запись:
A B / С D
B D / A C,
где каждая строка соответствует узлу разночтений.