Отсутствие закрепившихся к XVIII в. единых правил в области русского правописания нашло отражение в изданиях «Церковного словаря» П. А. Алексеева (1773–1794 гг.) в виде большого количества вариантных написаний при кодификации религиозной лексики, все разнообразие которых может быть классифицировано в соответствии со следующими типами: графико-орфографическим (архiдiаконъ — архидiаконъ), морфологическим (ветхой завѣтъ — ветхiй завѣтъ) и этимолого-словообразовательным (фелонь, или фелонiй).
Выявленные в «Церковном словаре» типы вариантных написаний при кодификации религиозной лексики были обусловлены главным образом совмещением в письменных текстах того времени кириллицы и гражданской азбуки, смешением и аналогическим воздействием унаследованных от старого строя языка парадигматических различий, а также широким распространением однокоренных словообразовательных дублетов.
Несмотря на обретающиеся в «Церковном словаре» вариантные написания, оформление основной части религиозной лексики подчинено морфологическому принципу. Помимо этого, П. А. Алексеев опирается на традицию и авторитет церковных книг, о чем свидетельствуют нормативные указания и стилистические пометы, помещенные в словаре, а также результаты лингвотекстологического сопоставления сочинения Алексеева с предшествующими лексикографическими произведениями, описывающими религиозную лексику.
Таким образом, П. А. Алексеев, оказавшись в ситуации противоборства двух орфографических начал — церковно-книжного и разговорного, не пошел по пути «умолчания» или предельного сокращения вариантных написаний слов, а избрал путь осмысления живых явлений языка. В связи с этим «Церковный словарь» являет собой ценный источник в вопросе изучения становления орфографической нормы русского литературного языка.