Словарь морфем — утвердившийся термин, несмотря на сомнительность его внутренней формы. Морфема — минимальная инвентарная единица, минимальный знак. В естественном языке, обладающем письменностью, экспонент этого знака может иметь (орфо)графическую природу или фонологическую. В последнем случае в описание языка входит описание закономерностей фонологического представления морфем (в зависимости от их класса и т. п., что отвечает первому пункту морфонологической проблематики по Трубецкому).
Словарь морфем включает информацию о статических свойствах морфемной морфонологии. Для формирования высказывания, что обычно предполагает использование сочетаний морфем, необходим учет морфонологических правил, которые регулируют трансформации фонологического облика морфем в зависимости от грамматического типа сочетания. Эти правила отражают динамические свойства морфем (отвечают второму пункту морфонологической проблематики по Трубецкому; в другой терминологии речь здесь идет о правилах сандхи).
Ни орфографическое, ни фонологическое представление морфологических единиц, взятое само по себе, не является достаточным. Должны быть представлены оба плюс правила «пересчета» с одного на другое. В противном случае даже состав единиц (т. е. словарь, понимаемый широко) будет отличаться в зависимости от избранной «субстанции». Например, в русском наборе глагольных словоформ, ориентированных на орфографическое представление морфем и слов, просто не будет показателя возвратности -ца, хотя именно этот алломорф с необходимостью возникает в соответствующих контекстах, ср. куп-а-ц-ца ‘купаться’.
Разрабатываемому фонологическому представлению словоформ отвечает «граница» между языковым (лингвистическим) и субфонологическим (фонетическим) подходом, принципы организации которого весьма далеки от ясности.