Большинство ведущих фонологических направлений, особенно в последние десятилетия, пользуются изначально заданным набором фонем, минуя стадию сегментации или – что то же самое – установления характера каждого данного сегмента с точки зрения его простоты/сложности, т.е. в нашем случае моно- и бифонемности. Исключением является фонология Пражского лингвистического кружка и Ленинградской/Петербургской фонологической школы.
Одним из главных критериев этого Н.С. Трубецкой считал возможность (соотв. невозможность) разбиения сегмента по двум слогам (Трубецкой 1960: 62). Этот критерий принято относить к числу «фонетических», что справедливо, если считать его «минимальной произносительной единицей».
Иначе обстоит дело, если рассматривать его как «модель организации фонем» (точнее, речевой цепи); в этом случае «границы между слогами – это, естественно, границы между фонемами» (Касевич 2006: 35). В этом случае использование такого критерия наталкивается на трудности чисто практического порядка. Как замечает в связи с этим В.Б. Касевич, «тогда для использования слогоделения в фонемной сегментации необходимо обладать исчерпывающим определением слога с точки зрения его фонемной организации. Вряд ли такая информация доступна в самом начале анализа» (там же).
В Ленинградской (щербовской) школе для этой цели используется морфологический критерий. Действительно, положение, согласно которому морфологическая граница, проходящая внутри сегмента, свидетельствует о его бифонемности, само по себе, не вызывает сомнений. Менее очевидна возможность распространения его, например, на «внутреннюю флексию» или чередования типа нем. binden – band. (Зиндер 1960: 35). Такая сегментация основывается на принципе остаточной выделимости: /bVnd-/. Но то же самое в случае англ. bind – bound даст неслоговые [-i] и [-u] (глайды дифтонгов) в качестве самостоятельных фонем, что очевидно неверно).
Не следует забывать, что морфема – знаковая единица, соответственно, ее границы отражают сегментацию не только плана содержания на смысловые отрезки, но и плана выражения на экспоненты. Последнее, в свою очередь, предполагает «отмеченность» морфемной границы. Следует подчеркнуть, что такая отмеченность границы не обязательно предполагает физическое выражение. Так, граница между корнем и флексией в формах типа стола, столу, столом устанавливается, благодаря наличию форм именительного и винительного падежа (стол). Наличие границы может, в принципе, входить в описание таких форм, и такая трактовка может распространяться на все формы нулевой флексией: корень- + морфологическая  граница + Ø.
Такой подход применим и к формам с историческими чередованиями (бе-г- - бе-ж), но не в языках типа германских, где экспоненты (= единицы план выражения) не всегда допускают проведение границ внутри себя: ср. англ. pity vs. pea-ty. Своеобразие таких  языков и состоит, собственно, в частичном сходстве с фонемными, частичном – со слоговыми языками, т.е. в возможности применения правила ресиллабации, или «правила Гординой» (см. Гордина 1966) лишь к части словаря.
Это значит, в свою очередь, что в таких языках есть морфемы, которые не членятся на слоги, а значит, и на более мелкие единицы, сходные с фонемами русского языка. В этой связи уместно процитировать оставшееся практически незамеченным высказывание А.С. Либермана: «При первом шаге фонологического анализа необходимо убедиться, действительно ли в изучаемом языке существуют фонемы» (Либерман 1971: 61), а значит, и механизмы их выявления, основанные на наличии двух типов границ (слоговых и морфемных) и их несовпадении.