Теоретико-методологические основы современного сравнительно-исторического и ареально-типологического балканского языкознания, полностью согласуясь с многовековой научной традицией, продолжают составлять позитивизм, структурализм, историзм и внимание к связи между языком и обществом. Целью научного изучения языков Балканского полуострова является исчерпывающее, системно ориентированное, использующее современные технологии теоретически обоснованное широкое геолингвистическое и глубокое монографическое научное описание языковой реальности и объяснение исторических путей ее формирования, опирающееся на полноту знаний о языковой, исторической и социальной реальности в прошлом и настоящем. При этом необходима дефиниция терминов и прежде всего (а) строгое разграничение понятий языковая семья, языковой ареал и языковой союз и стоящих за ними разных положений дел; (б) выяснение вопроса, при каких условиях и как именно ареальная группа языков и диалектов может интегрироваться в конвергентную; (в) установление роли каждого из участвующих в этих процессах языков и диалектов в качестве (α) лингвистического суперстрата, адстрата и субстрата; (β) контактного донора и реципиента, включая ситуации, в которых язык не является ни первым, ни вторым. Для изучения всех этих языков и диалектов и их групп могут и должны без каких бы то ни было идеологических ограничений, но с полным осознанием ограниченности каждого из них, применяться любые лингвистические методы. Как для сравнительно-исторического, так и для ареально-типологического языкознания противопоставление языка и диалекта нерелевантно. Балканская диалектология совпадает в нашем понимании с балканским языкознанием вообще. Изучение конвергентных языковых групп, включая их территориальную диалектологию, преследует цель установить лингвистические константы и доминанты Балканского полуострова. Такие константы и доминанты могут иметь ареальный характер (например веками возобновляющееся противопоставление балканского востока балканскому западу) или собственно лингвистический. При этом не каждая из современных лингвистических теорий, претендующая на обнаружение и истолкование единичных фактов, доминант или констант, проходит тестирование балканским языковым материалом. Например, генеративная теория не в состоянии ни объяснить вариативность порядка слов, в частности порядка клитик в балканских диалектах (см. примеры), ни предсказать его грамматичность в отдельно взятом идиоме, тогда как сравнительно-историческое и ареально-типологическое языкознание, указывая, с одной стороны, на комбинацию архаичных (еще праславянских) и инновационных черт, а с другой – на ареальное соседство, находит экономные пути для обоснования убедительных гипотез при решении подобных задач. В отличие от формальных, методы функционально ориентированного исследования в применении к материалу балканских языков и диалектов обладают бóльшим эвристическим потенциалом и позволяют не только обнаружить внутрилингвистические константы и доминанты языкового строя, например редундантность грамматического маркирования или разную степень донационности языков и "заимствуемости" языковой структуры и материи, но также дать экономное и непротиворечивое объяснение наблюдаемым фактам. В последние годы развитие теории языковых контактов (обсуждение возможных пределов грамматического и лексического уподобления контактирующих языков друг другу, проблема научной фиксации этого уподобления, интерес к языковой истории отдельных носителей языков), привело к пониманию необходимости изучения типов контактных ситуаций на Балканах, образующих континуум от сепарации до симбиоза. При этом к сугубо лингвистическим закономерностям необходимо применять антропологические поправки, т.е. знания об этических установках больших групп людей, о их представлениях о престижности собственного или чужого бытия, в том числе и языкового, о поведении круга носителей балканских языков и диалектов, обладающих престижем, по сравнению с поведением других носителей.