Одной из главных характеристик «Агасфера» является сложная композиция и многочисленные библейские образы и мотивы. Роман состоит из трех композиционных пластов, формирующих три сюжетные линии, в которых события происходят совершенно в разных пространственно-временных измерениях. 1) Духовный мир, в котором показаны Высшие Силы, Сын Человеческий (Иешуа), Люцифер, Агасфер, полчища ангелов, Зверь и др. Эта повествовательная  линия рассказывается от лица самого Агасфера (он же Вечный Жид). Данный сюжет первоначально построен как почти полное соответствие библейскому канону, которое в дальнейшем расходится с ним. Автор художественно обрабатывает и эвфемизирует библейскую историю о восстании Люцифера против Бога, небесной войне и о свержении возгордившегося ангела с небес. 2) Эпоха протестантской реформации в Германии. В этом композиционном пласте главным героем является типичный для немецкой литературы Нового Времени образ студента, школяра. Студент-богослов Паулюс фон Эйцен, обучающийся у самого Мартина Лютера, подвергся сатанинскому влиянию и всю жизнь был ведом им, лишь перед смертью поняв, кому он служил. Лейхтентрагер (Сатана, или Люцифер) всю жизнь выступает как друг пастора, преподнося в конце жизни ему урок, проповедует. Роман очень ироничен, особенно касательно библейских мотивов, но  в то же время он призывает к искренней вере, иначе – кара. 3) 1980 год, переписка ученых ГДР и Израиля. Этот сюжет представлен нам в эпистолярном жанре.  Профессор Еврейского университета Йоханн Лейхтентрагер начинает научную переписку с директором Института научного атеизма Зигфридом Байфусом. Перед нами автор развернул очень любопытную научную полемику атеиста с самим сатаной, оба приводят многочисленные аргументы в свою пользу. Причем Зигфрид Байфус проигрывает в споре. Нам видится в этой переписке неприкрытая ирония на всю материалистическую науку и на человеческий разум.